Le bricodeur et sa petite boîte

Ce samedi 6 juin, le Parc Expo de Rennes accueillait la 4ème édition de TEDx dans la capitale bretonne. Guillaume Collet, directeur pédagogique adjoint (DPRa) d’Epitech Rennes y a tenu une conférence sur sa « petite boîte » open source : un Raspberry Pi assembleur de génome. Plusieurs étudiants l’accompagnaient, notamment sur ce qui s’appelait, hors salle de conférence, le « Playground ».

TED n’est pas un ourson

TED (pour Technologie, Entertainment, Design) est une fondation américaine à but non lucratif. Les TEDx sont des rendez-vous basés sur des conférences, toutes tenues sur un format de 18 mn et qui visent à diffuser des idées pouvant contribuer à changer le monde. Depuis une trentaine d’années, les TEDx essaiment partout autour du globe.

TEDx à Rennes, un terreau fertile

À Rennes, 1100 personnes y ont assisté – à comparer à la centaine de participants de la première édition… Cette année, le thème était le « SensAscensionnel », joli jeu de mots. 13 intervenants y ont livré leurs 18 mn chrono, dont Guillaume, qui revient avec nous sur cette journée.

Le ressenti in vivo

« C’était incroyable, plutôt très stressant mais j’avais bien préparé ma conférence donc ça s’est bien passé. C’est vrai que sur scène, c’est impressionnant. »

Vulgarisation scientifique

« Cette boîte, c’est juste un outil pour rendre l’assemblage de génome accessible aux gens, pour leur expliquer ce que c’est. En soi, assembler un génome sur un Raspberry Pi, cela ne sert à rien parce qu’il n’y a pas assez de mémoire, c’est trop petit. »

Course contre la montre

« Par contre, si on arrive à le faire sur un Raspberry Pi, là où les gens assemblaient un génome sur une centaine d’ordinateurs, maintenant ils vont assembler 100 génomes sur 100 ordinateurs. Au lieu que cela prenne un jour ou deux de calculs, ça prend juste une dizaine d’heures. »

Du calcul de génome au Raspberry Pi

« C’est un projet que j’ai commencé en 2013, à partir du moment où des collègues de mon ancien labo de recherche – IRISA / INRIA – ont réussi à assembler le génome humain sur un ordinateur portable. Avant, il fallait une grille de calcul, ils ont donc trouvé une structure de données qui permet de réduire la quantité de mémoire nécessaire et moi, je suis arrivé avec mon Raspberry Pi pour leur demander s’ils pensaient que cela passait dessus. »

La boîte et le génome

« On s’est amusé à essayer de réduire encore plus la mémoire nécessaire, les algorithmes… et on a réussi. La boîte est une « démo », elle a un écran, on peut écrire un bout de code génétique (A, T, G, C) et on appuie sur un gros bouton rouge… Le Raspberry Pi va alors essayer de reconstituer un bout de génome autour de ce petit morceau d’ADN à partir d’un génome de référence. À la fin, une imprimante sort un ticket de caisse avec un bout de génome assemblé. »

Le Playground

Hors les conférences, parmi les ateliers divers et variés, quasi tout l’écosystème rennais était présent, notamment les étudiants de l’école ayant participé au hackathon MaisonMix. Alexis Lina (promo 2019) y présentait la Woodbox produite avec ses compères d’un week-end ; Rodolphe Dugueperoux (idem), leur plante connectée et Guillaume Pirou (id.), leur boîte à reconnaissance vocale.
TEDx 2015 à Rennes : un grand moment pour tout le monde.